В структурата на болницата влизат 7 клиники, с 10 клинични отделения по различни субспециалности на детските болести, клинична лаборатория, рентгеново отделение, вирусологична и микробиологична лаборатории.

Уникални и единствени за страната са цитогенетична и скринингова лаборатория за новородените деца с хипотиреоидизъм, центрове за проследяване на бъбречно и чернодробно трансплантирани деца, клиника по ревматология, отделения по хемодиализа и клинична генетика.

В болницата работят като лекари и преподаватели 14 хабилитирани лица (доценти и професори), по различни профили на педиатрията.

Болницата разполага със съвременна апаратура за диагностика и лечение.