Микробиологичната лаборатория на СБАЛДБ е основана през 1956 год. Основна нейна задача е подобряване на грижата за болните деца чрез осигуряване на своевременна, широкоспектърна и достоверна микробиологична диагностика на бактериални и гъбни инфекции при децата с различна локализация. Визията за бъдещо развитие на микробиологичната лаборатория се свързва с разширяване на дейността й чрез внедряване на най–нови методични подходи, базирани на съвременни научни достижения на микробиологията, имунологията и молекулярната биология. Организационната структура на лабораторията е съобразена с нормативните документи и изискванията на Медицински стандарт “Клинична микробиология”. В лабораторията се извършват микробиологични изследвания на различни видове материали от болни и амбулаторни пациенти /деца/, при които има съмнение за инфекциозен процес или проявени симптоми на инфекция. Във връзка със санитарно – микробиологичния контрол на ВБИ се изследват и материали от болнична среда, медицински персонал, апаратура, инструментариум и средства за дезинфекция. Чрез микробиологичното изследване се доказва инфекциозен причинител, определя се неговата чувствителност към антибиотици и антимикотици , дава се препоръка за провеждане на най – подходяща за пациента антимикробна и антимикотична терапия. В микробиологичната лаборатория се изследва и серум за АSТ и RF.

Лабораторната база е модерна, разполага със съвременна диагностична апаратура. – автоматизирана система за микробиологична диагностика VITEK2 Compact и апарат за хемокултурелна диагностика – BACTEC 9050. Прилагат се класически и бързи методи за доказване на причинителите на сепсис и инфекции в сърдечно – съдовата система, урогенитални инфекции, инфекции на кожата и меките тъкани, раневи инфекции, инфекции от горните и долни дихателни пътища, пунктати,ликвор, очни и ушни секрети, диариен синдром и други.

В лабораторията се диагностицират и инфекции, причинени от някои трудни за култивиране микроорганизми: анаеробни бактерии, клостридии, кампилобактер, хеликобактер,микоплазми, хламидии, гъби.

Лабораторията участва в Система за външна оценка на качеството на диагностичната дейност към НЦЗПБ, за което се сертифицира два пъти годишно.